转录组学

什么是转录组织?

2019年7月7日 离开 经过 行政

什么是转录组织?
Simple defintion
转录组织是研究细胞内所有RNA分子的研究,否则称为转录组。

简要说明
这是对生物体转录组的研究。转录组是所有RNA分子的组,包括在一个或一种细胞群中产生的mRNA,rRNA,TRNA和非编码RNA。转录组织也被称为表达分析,检查给定细胞群中RNA的表达水平。

什么是转录组?
人类基因组由DNA(脱氧核糖核酸)组成,长而绕组分子,含有构建和维持细胞所需的指令。这些指令以形式拼写出来“base pairs”四种不同的化学品,组织成20,000至25,000个基因。对于要进行的指示,DNA必须是“read” and transcribed –换句话说,复制–进入RNA(核糖核酸)。这些基因读出称为转录物,并且转录组是细胞中存在的所有基因读数的集合。

有各种RNA。主要类型称为信使RNA(mRNA),在制作蛋白质方面发挥着至关重要的作用。在该过程中:MRNA从基因转录;然后将mRNA转录物递送至核糖体,位于细胞中的分子机’S细胞质;然后读取核糖体,或“translate,”mRNA中的化学字母序列和将氨基酸的组装构建块中的组装成块蛋白质。

DNA也可以转录成其他类型的RNA,这些类型没有用于蛋白质。这种转录物可以用于影响细胞结构并调节基因。

转录组学

图片礼貌:国家人类基因组研究所

难以分析转录组
与核基因组不同,其组成和尺寸基本上是静态的,转录组通常会发生变化。转录组受细胞周期,器官,药物或物理药物的阶段的影响,老化,疾病以及许多其他变量的影响,所有这些都必须在确定时考虑。然而,这种性能使转录组可用于发现基因功能和分子签名

为什么我们需要研究转录数?
理解转录组对于解释基因组的功能要素并揭示细胞和组织的分子成分,以及了解发育和疾病的必不可少。

转录组织的平台水平分析
已经开发了各种技术来推断和量化转录组,包括杂交或基于序列的方法。基于杂交的方法通常涉及用定制的微阵列或商业高密度寡核微阵列孵育荧光标记的cDNA。还设计了专门的微阵列;例如,具有跨越外显子连接探针的阵列可用于检测和量化不同的剪接同种型。然而,这些方法具有若干限制,包括:依赖关于基因组序列的现有知识;由于交叉杂交的高背景水平;由于信号的背景和饱和度,有限的动态检测范围。

最近,新型高通量DNA测序方法的发展为映射和量化转录om提供了一种新方法。该方法称为RNA-SEQ(RNA测序)具有明显的优点,具有优于现有方法,并且预计将彻底改变分析真核转录om的方式。

rnaseq.

 

通过下一代测序(NGS)或微阵列平台产生的转录组族数据通常包括数千基因的定量测量,是探索机构的理想特征。

当适当的数据分析到位时,才能揭示这种数据集的力量。后HOC分析包括序列中的三个主要步骤:平台水平处理,对比度水平数据滤波或提取,以及模块水平表征行为或基因组的协同效应。

参考
1.王,Z.,Gerstein,M., &斯奈德,M。(2009)。 RNA-SEQ:用于转录组织的革命性工具。自然评论遗传学,10(1),57。
2.Assis,A.F.,Oliveira,E.H.,捐赠,P. B.,Giuliatti,S.,Nguyen,C.,&Passos,G. A.(2014)。什么是转录组和如何评估?在健康与疾病的转录组织中(第3-48页)。 Springer,Cham。