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Linux作弊表-Bioinformatics / NGS分析

2019年7月17日 离开 经过 行政

本教程的目的是向学生介绍一个常用的工具,用于下一代序列(NGS)分析以及赋予编写单衬里的经验。

Linux命令生物信息学和NGS数据分析的作弊表

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文件系统
ls - 列出当前目录中的项目

ls -l - 列出当前目录中的项目,并以长格式显示,以查看周边,大小和修改日期

ls -a - 列出当前目录中的所有项目,包括隐藏文件

ls -f - 列出当前目录中的所有项目,并显示带有星星的斜杠和可执行文件的目录

ls dir - 列出目录dir中的所有项目

CD DIR - 将目录更改为DIR

CD .. - 上升一个目录

CD / - 转到根目录

CD〜 - 转到您的主目录

cd – - 转到你刚刚进入的最后一个目录

PWD - 显示当前工作目录

mkdir dir - 制作目录dir

RM文件 - 删除文件

RM -R DIR - 递归地删除目录DIR

CP File1 File2 - 将File1复制到File2

CP -R DIA1 DIR2 - 递归将目录DIR1复制到DIR2

mv file1 file2 - 将(重命名)file1移动到file2

ln -s文件链接 - 创建符号链接到文件

触摸文件 - 创建或更新文件

CAT文件 - 输出文件的内容

少文件 - 使用页面导航查看文件

头文件 - 输出前10行文件

尾部文件 - 输出最后10行文件

Tail -f文件 - 从最后10行开始,输出文件的内容

Vim文件 - 编辑文件

别名‘command’ - 为命令创建一个别名

系统
关机 - 关闭机器

重新启动 - 重新启动机器

日期 - 显示当前日期和时间

Whoami - 你被登录的人

手指用户 - 显示有关用户的信息

MAN命令 - 显示命令手册

DF - 显示磁盘使用情况

du - 显示目录空间使用

自由 - 显示内存和交换用法

其中app - 显示应用程序的可能位置

默认情况下哪个应用程序显示将运行哪个应用程序

流程管理
ps - 显示您当前活动的进程

顶部 - 显示所有运行进程

杀死PID - 杀死进程ID PID

kill -9 pid - force kill process id pid

权限
ls -l - 列出当前目录中的项目并显示权限

chmod ugo文件 - 将文件的权限更改为Ugo– u is the user’s权限,g是小组’S权限,o是其他人’S权限。 U,G和O的值可以是0到7之间的任何数字。

7 - 完全权限

6 - 仅读写

5 - 仅读取并执行

4 - 只读

3 - 只写和执行

2 - 只写

1 - 仅执行

0 - 没有权限

chmod 600文件 - 您可以读写– good for files

chmod 700文件 - 您可以读取,写和执行– good for scripts

chmod 644文件 - 您可以读写,而其他人只能读取– good for web pages

chmod 755文件 - 您可以读取,写入和执行,并且其他人都可以读取和执行–适合您要分享的节目

联网
WGET文件 - 下载文件

卷曲文件 - 下载文件

SCP用户@主机:文件目录 - 安全将文件从远程服务器复制到计算机上的DIR目录

SCP文件用户@ host:dir - secure从计算机中的文件复制到远程服务器上的dir目录

SCP -R用户@主机:DIR DIR - Secure将来自远程服务器的目录目录复制到计算机上的目录目录

SSH User @ Host - 作为用户连接到主机

SSH -P端口用户@ Host - 作为用户的端口连接到主机

ssh-copy-id user @ host - 将键添加到主机以供用户启用键控或无密码登录

ping host - ping主机和输出结果

WHOIS域 - 获取域的信息

挖掘域 - 获取域的DNS信息

DIG -X主机 - 反向查找主机

LSOF -I TCP:1337 - 列出在端口1337上运行的所有进程

搜索
Grep模式文件 - 在文件中搜索模式

grep -r pattern dir— search recursively for pattern in dir

Grep -rn Pattern Dir - 以DIR中的模式递归搜索,并显示找到的线路编号

grep -r pattern dir–include=’* .ext - 以DIR中的递归方式搜索,并且仅在使用.ext扩展名中搜索文件

命令| Grep模式 - 在命令输出中搜索模式

查找文件 - 查找实际系统中的所有文件实例

找到文件 - 使用从updatedb命令构建的索引数据库查找所有文件实例。比找到的更快

SED -I.‘s/day/night/g’文件 - 查找文件中的所有发生日并用夜间替换它们–S意味着什么和G意味着全球–SED还支持正则表达式

压缩
tar cf file.tar文件 - 创建一个名为file.tar的tar包含文件

tar xf file.tar - 从file.tar中提取文件

tar czf file.tar.gz文件 - 使用gzip压缩创建一个tar

tar xzf file.tar.gz - 使用gzip提取一个tar

gzip文件 - 压缩文件并将其重命名为file.gz

gzip -d file.gz - 解压缩文件.gz返回文件

快捷方式
Ctrl + A - 将光标移动到行的开头

Ctrl + F - 将光标移动到行的结尾

Alt + F - 将光标移动到前进1字

Alt + B - 向后移动光标1字

Reference: http://cheatsheetworld.com/programming/unix-linux-cheat-sheet/