蛋白质组学工具

蛋白质组学工具简介

11月1日2020年 离开 经过 行政

在对生活系统,基因组学和转录组织的综合分析中,蛋白质组学是暂时的第三个挑战。这也是这些挑战的最难。蛋白质比核酸更多样化并且难以量化,并且它们的表达在时间和空间内变化,而不是DNA。

数据库是第一个工具。蛋白质,EST和整个基因组序列数据库提供了在数据库中可用的生物体中表达的所有蛋白质的完整目录。
基于对所有果蝇编码序列的分析,我们知道,例如,110个果蝇基因是用EGF样结构蛋白的蛋白质和87个蛋白质基因α与酪氨酸激酶的代码。因此,当你做果蝇蛋白质组学时,我们’重新寻找一个大但已知的指数潜在蛋白质。当使用有限的信息序列搜索时。

我们可以识别蛋白质或甚至原料质谱数据。数据库条目匹配的组件.mass光谱测定法(MS)是第二个工具。在过去十年中MS的仪器接受了巨大的变化,最终开发了高度敏感,强大的工具,特别是蛋白质和肽,可以可靠地分析生物分子。 MS仪器可以提供三种类型的分析,所有这些分析在蛋白质组学中非常有用。首先,MS可以提供​​分子精度完整的蛋白质质量测量,大约100kDa或更大。

蛋白质组学工具

蛋白质组学工具

因此,MS分析是估计蛋白质的最佳方式,而不是迁移硫酸钠聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)。然而,极其准确的蛋白质质量测量通常具有有限的值,因为它们通常不够敏感,并且由于净质量通常不充分以识别明确的蛋白质。 MS还可以提供蛋白水解消化肽的精确质量测量。与整个蛋白质质量测量相比,肽质量可以用更高的灵敏度和质量准确度进行。可以直接从那些肽质量测量中搜索数据。

经常为了对数据库获得目标蛋白的最终鉴定。最后,可以通过MS分析进行由蛋白水解化消化中获得的肽的序列分析。事实上,在肽序列分析中,MS现在被认为是现有技术。 MS最强大和最明确的方法是识别蛋白质的序列数据。

一种新兴软件集合,可以将MS数据与蛋白质组学数据库的第三个基本工具中的某些蛋白质序列匹配。数据库。如前所述,可以确定的序列。

MS数据肽。但是,这个de novo序列解释是一个相对复杂的任务,特别是当必须解释数百或数千个谱时。这些软件仪器MS数据并将其与蛋白质,EST和序列相匹配。

基因组序列数据库使用特殊算法。这些工具的最有用方面是自动处理。大量蛋白质序列匹配MS数据的调查。然后,调查员可以检查结果并评估数据的质量远远超过每种频谱需要解释的时间
Manually.

蛋白质组学中的第四个关键工具是蛋白质分离分析技术。蛋白质分离用于蛋白质组学中的两个目的。

首先,通过解析它们来简化复杂的蛋白质混合物 单一蛋白质或小蛋白质组。其次,因为他们是 还可以比较蛋白质水平的明显差异。 蛋白质分析允许研究人员靶向特异性蛋白质以进行两种样品的分析。 SDS-PAGE(2D-SDS-PAGE)肯定与蛋白质组学相关。

二维凝胶可以是复杂样品中最好的单一技术蛋白分辨率。然而,对于分析语言的其他方法可能是有用的蛋白质分离技术,包括1D-SDS-PAGE,高性能液相色谱(HPLC)和毛细管电泳(CE),等电聚焦(IEF)和亲和层析。

与多维技术的不同蛋白质和肽分离的整合也许是最强大的。结合反相(RP)-HPLC,例如,离子交换液相色谱(LC)是解决复杂肽混合物的强大工具。

这四种仪器的整合提供了最新的蛋白质组学技术。这些功能中的每一个都从技术角度快速发展。